房贷还清个税抵扣不会自动停止，需要手动操作停止。房贷还清后去贷款所在银行办理还清手续，领取房屋他项权证，由银行在他项权证上盖好公章，写明注销意见。例如：贷款已还请，同意注销抵押字样。然后由产权人本人携带房产证、他项权证、身份证原件前来当地产权住房保障和房产管理局处抵押科办理抵押注销登记手续。

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